南京市排污费实行市、县两级，按月或季进行征收。市　级排污费征收部门为南京市环境保护局；县级排污费征收部门为各县环境保护局。南京市环境保护局根据有关规定委托南京市环境监理支队对市直管企业排污费进行代征，对市直管以外的企业排污费由各区环境保护局进行代征；各县环境保护局对县管企业排污费委托各县环境监理大队进行代征。
　　市级代征单位：
　　南京市环境监理支队　　地址：南京市江东中路259号        　电话：12369。
　　玄武区环境监理大队　　地址：太平北路39-2号    　电话：4517994
　　白下区环境监理大队　　地址：白下区太平巷20号  　电话：6645391
　　秦淮区环境监理大队　　地址：中华路253号区政府 　电话：2201219
　　建邺区环境监理大队　　地址：水西门大街58号    　电话：6492270
　　鼓楼区环境监理大队　　地址：湖南路裴西村7号   　电话：3211712
　　下关区环境监理大队　　地址：建宁路52号        　电话：5506148
　　栖霞区环境监理大队　　地址：尧化门大街区政府    电话：5562475
　　雨花区环境监理大队　　地址：共青团路2号         电话：2425849
　　大厂区环境监理大队　　地址：大厂镇区政府        电话：7792498
　　浦口区环境监理大队　　地址：津浦新村5栋         电话：8852375
　　监督投诉的部门和电话
  南京市环境保护局     计划财务处         83630869
  南京市物价局         价格举报中心        4828000