根据《国务院关于进一步加强环境保护工作的决定》（国发［1990］65号文的要求，国家环保总局1991年8月颁布《环境监理工作暂行办法》（环监［1991］338号）中明确规定“县及县级以上地方各级人民政府环境保护部门应设立环境监理机构”。我市环境监理机构成立于1993年4月28日，由南京市排污收费站(宁编字［1989］97号)和南京市城市建设管理环保监察中队(宁编字［1991］15号)合并组建而成。成立时的名称为南京市环境监理站(宁编字［1993］54号)，1995年8月更名为南京市环境监理总站(宁编字［1995］100号)。

1996年，《国务院关于环境保护若干问题的决定》（国发［1996］31号）中明确提出要“加强环境监理执法队伍建设”，按国家环保总局《关于进一步加强环境监理工作若干意见的通知》（环发［1999］141号）中环境监理机构标准化建设规范的相关要求，1998年2月，南京市环境监理机构更名为南京市环境监理支队(宁编字［1998］6号)。