设置职能科室12个。

管理科室：办公室、技术质管室、综合业务室、项目管理室、情报资料室、科技服务中心；

一线科室：现场监测室、理化分析中心、自动监测室、生态室、核与辐射（固废）监督管理室、在线监测管理室。