雨花台砂砾层自然剖面保护区位于南京市区南郊雨花台西侧石子岗东砂场，面积5亩左右。1984年，南京市人民政府要求对这一区域进行保护。1985 年，江苏省地质矿产局建立了市级自然保护区，确定保护范围，树立石碑标记。
清代乾隆年间的“金陵四十八景”中的“赤石片矶”即是包括保护区在内的景点。雨花台砂砾层是中外闻名的早更新世“雨花台组”建组标准剖面，这一自然剖面对研究南京地区的古地理、古气候和地质运动发展等具有重要意义，同时对研究中国东部新生代晚期的地质变化亦具重要价值。国内有关的著名科学家多在此保护区进行研究观察，认为雨花台砂砾层自然剖面保护区是进行科学研究和教学不可多得的实景。

        雨花台砂砾层自然剖面保护区设立后仅有石碑标记及圈出的范围，而未设置管理机构，无专人保护管理，破坏现象十分严重。许多人在此随意开采建筑材料，邻近单位、砂石场和道路侵占致使保护区被严重蚕食。至1992年，保护区实有面积仅剩1亩左右，且已长满荒草，任人及牲畜践踏。 雨花台砂砾层自然剖面保护区已濒临名存实亡的境地。