重要生态功能保护区分为禁止开发区和限制开发区。禁止开发区内禁止一切与保护维护主导生态功能无关的开发活动；限制开发区内在不影响其主导生态功能的前提下，可以开展一些对生态环境影响不大的建设和开发活动。
1、功能分区
自然保护区的核心区和缓冲区为禁止开发区，实验区为限制开发区；未做总体规划或未进行功能分区的，全部为禁止开发区。
2、保护措施
禁止开发区内禁止一切与保护无关的活动。
限制开发区内禁止滥开滥垦、滥采滥伐等活动；禁止一切可能损害自然保护区内保护对象、自然资源和环境质量的开发建设活动；在自然保护区组织参观、旅游活动的，必须按照有关自然保护区行政主管部门批准的方案进行，禁止开设与自然保护区保护方向不一致的参观、旅游项目；在自然保护区的实验区内已经建成的设施，其污染物排放超过国家和地方规定的排放标准的，应当限期治理或搬迁。
1、功能分区
风景名胜区总体规划确定的核心景区，包括生态保护区、自然景观保护区和史迹保护区，其境内地文景观独特（丘陵山地的体量、形态、水系独特）、自然景观能够反映重要自然变化过程、基本处于自然状态、或动植物资源丰富具有极重要保护价值的地区划为禁止开发区，其余为限制开发区。
2、保护措施
禁止开发区内禁止一切与资源保护无关的活动。
限制开发区内禁止一切可能破坏景观和自然环境的行为；各项建设和旅游开发活动，都应与景观相协调，禁止建设破坏景观、污染环境、妨碍游览的设施；在珍贵景物周围和重要景点，除必须的保护和附属设施外，禁止增建其他工程设施。
1、功能分区
森林公园中划定的生态保护区为禁止开发区，其余为限制开发区。
2、保护措施
禁止开发区内禁止一切与保护无关的活动。
限制开发区内禁止破坏森林和野生动、植物资源；在珍贵景物、重要景点和核心景区，除必要的保护和附属设施外，禁止建设宾馆、招待所、疗养院和其他工程设施；禁止毁林开垦和毁林采石、采砂、采土以及其他毁林行为；采伐森林公园的林木，必须遵守有关林业法规、经营方案和技术规程的规定。森林公园设施建设和旅游开发活动，必须按照总体规划设计进行，并达到国家和地方规定的污染物排放标准。
3.4地质遗迹保护区（公园）
1、功能分区
地质遗迹保护区（公园）境内具有特殊研究与保护价值的地质构造、地质剖面、构造形迹、古生物化石、岩石、矿物、宝玉石及其典型产地划为禁止开发区，其余划为限制开发区。
2、保护措施
禁止开发区内禁止一切与保护无关的活动。
限制开发区内禁止进行采石、取土、露天采矿、放牧、砍伐以及其它对保护对象有损害的活动；未经管理机构批准，不得采集标本和化石；旅游开发活动必须按照总体规划设计进行；禁止修建与地质遗迹保护无关的厂房或其他建筑设施；对已建并可能对地质遗迹造成污染或破坏的设施，应限期治理或搬迁。
3.5饮用水源保护区
1、功能分区
饮用水源保护区的一级保护区为禁止开发区，其他等级的保护区为限制开发区。
2、保护措施
禁止开发区内禁止一切与保护无关的活动。
限制开发区内禁止直接或间接排放废水；禁止建设对水源可能造成污染的项目和设施；对已建并可能对水源水质造成污染的项目和设施，应限期治理或搬迁；禁止倾倒工业废渣、垃圾、粪便及其它废弃物；禁止使用不符合国家规定防污条件的运载工具。
1、功能分区
洪水调蓄区划为限制开发区。
2、保护措施
洪水调蓄区内禁止设置有碍行洪的各类建筑物和障碍物，已建的有碍行洪的设施，应当限期拆除；禁止倾倒、堆放、填埋、贮存固体废弃物和其他污染物；依法获得批准进行工程项目建设或者设置其他设施的，不得有下列情形：缩小洪水调蓄区面积，影响洪水调蓄区的行水蓄水能力和其他工程设施的安全，破坏洪水调蓄区的生态环境。
3.7重要水源涵养区
1、功能分区
重要水源涵养区内生态系统良好、生物多样性丰富、有直接汇水作用的林草地和重要水体为禁止开发区，其余区域为限制开发区。
2、保护措施
禁止开发区内禁止一切与保护无关的活动。
限制开发区内禁止新建任何影响水源水质和有损蓄水功能的项目；未经许可，不得进行露天采矿、筑坟、建墓地、开垦、采石、挖砂和取土活动；区内已有的企业和建设项目，不得对生态环境造成破坏。已造成损害的，应当限期治理或搬迁；积极实施封山育林、封山护林，促进植被恢复；禁止商业性采伐活动，只允许进行抚育和更新性质的采伐，并在采伐的当年或次年内完成更新造林。
1、功能分区
河流、湖泊与海洋珍稀鱼类种质资源繁殖与保护区划为禁止开发区，其它渔业水域为限制开发区。
2、保护措施
禁止开发区内禁止一切与保护无关的活动。
限制开发区禁止使用严重杀伤渔业资源的渔具和捕捞方法捕捞；严禁捕捉受保护的珍稀濒危物种；禁止建设可能造成污染的项目和设施，对已建并可能造成污染的项目和设施，应限期治理或搬迁；未经许可，不得进行水下爆破、勘探、施工作业等对渔业资源有严重影响的活动。
1、功能分区
重要湿地内饮用水源地一级保护区、野生动物繁殖区及栖息地、湿地公园生态保护区（核心区）等生物多样性富集区为禁止开发区，其余区域为限制开发区。
2、保护措施
禁止开发区内禁止一切与保护无关的活动。
限制开发区内，禁止开垦和排放湿地水资源、破坏野生动物的重要繁殖区及栖息地；禁止擅自采沙、取土、放牧、烧荒、砍伐林木、采集重点保护的野生植物；禁止非法猎捕受保护的野生动物；禁止向湿地内排放未达标污水、倾倒可能危害水体和水生生物的化学物品或固体废弃物。
1、功能分区
清水通道维护区划为限制开发区。
2、保护措施
清水通道维护区内禁止排放污水、倾倒工业废渣、垃圾、粪便及其他废弃物；禁止从事网箱、网围渔业养殖；禁止使用不符合国家规定防污条件的运载工具；禁止新建、扩建可能污染水环境的设施和项目，已建成的设施和项目，其污染物排放超过国家和地方规定排放标准的，应当限期治理或搬迁。
1、功能分区
国家级、省级重点公益林，市、县级生态公益林中的天然林为禁止开发区，市、县级人工生态公益林为限制开发区。
2、保护措施
禁止开发区内禁止一切与保护无关的活动。
限制开发区内禁止开垦、采石、挖沙、取土、筑坟、商业性采伐、砍柴、采脂和狩猎等行为；区内的荒山荒地、火烧迹地等宜林地应进行限期造林恢复森林植被；已建项目对生态公益林生态服务功能造成损害的，应当限期治理或搬迁。
1、功能分区
特殊生态产业区划为限制开发区。
2、保护措施
特殊生态产业区禁止从事露天采矿、挖砂、取土等活动；禁止建设对土壤、水体、空气造成污染的项目，已造成污染的项目，应当限期治理或搬迁；严格控制外界污染物和污染水源的流入。
